Een geschiedenis van een protestantse kerk gaat helaas vaak over scheuringen. Naast verdriet zien we daarin ook iets van Gods leiding. Dat geldt ook voor die van de Gereformeerde Kerk van Utrecht-Centrum, die vandaag de dag bijeenkomt in de Rehobothkerk.
De Gereformeerde kerk in Utrecht ontstond in 1835 als afsplitsing van de Hervormde Kerk. Onder leiding van ds. H.P. Scholte kwamen ze op verschillende plekken bijeen, maar vanaf 1854 betrokken zij een eigen gebouwde kerk aan de Breedstraat. Vanaf 1887 vetrokken er in navolging van Abraham Kuyper nog velen uit de Hervormde Kerk in Utrecht. Vanaf toen werden er meerdere kerken gebouwd waarvan nu de Tuindorpkerk (nu onderdeel van de Protestantse Kerk Nederland), de Noorder
kerk (nu een moskee) en de Westerkerk (nu van de Gereformeerde Gemeente) nog over zijn.
In de oorlogsjaren ontstonden grote spanningen in de Gereformeerde kerken die leidden tot de Vrijmaking in 1944. In Utrecht kwam het in 1945 ook tot een scheuring waarbij van de 10.000 Gereformeerden er zo’n 1500 zich afsplitsten onder leiding van de predikanten C. Veenhof en M. de Goede. Aanvankelijk kerkten zij in de Bethlehemkerk en de Janskerk die werden tot twee verschillende gemeenten: Utrecht-Centrum en Utrecht-Noord/West. De kerk van Utrecht Noord/West bestaat nog steeds en komt samen in de Opstandingskerk in Zuijlen.
De gemeente van Utrecht-Centrum verhuisde in 1955 van de Janskerk naar de Pieterskerk omdat de Janskerk in de winter zo slecht te verwarmen was. Na het vertrek van C. Veenhof naar Kampen om daar hoogleraar in de theologie te worden werd in 1946 H.J. Schilder predikant in Utrecht. In 1949 kwam daar ds. G.A. Hoekstra bij. De gemeente telde in deze tijd zo’n 1000 leden. Er werden intensief geprobeerd om zowel met de Gereformeerde Kerk als met de Christelijke Gereformeerden tot eenheid te komen. Mede door interne verdeeldheid van de ‘Vrijgemaakten’ helaas met weinig resultaat. Toen in 1952 ook H.J. Schilder werd benoemd tot hoogleraar in Kampen, kwam in 1954 ds. W.G. Visser als predikant naar Utrecht. Inmiddels werd er druk gespaard voor een eigen gebouw. Dat resulteerde in 1959 tot de Rehobothkerk (het huidige kerkgebouw) in Tolsteeg en in 1966 tot de Jeruzalemkerk in Tuindorp.
De genoemde interne verdeeldheid leidde er in 1966 toe dat een deel van de gemeente zich afsplitste. In 1968 kwam het tot een complete breuk, waarbij een deel van de gemeente verder ging in de Jeruzalemkerk als Nederlands Gereformeerde Kerk. Die kerk bestaat vandaag de dag nog steeds. Het gedeelte dat zich in 1966 afsplitste voegde zich na veel gesprekken in 1972 weer bij de Rehobothkerk. De gemeente telde na deze scheuring nog zo’n 400 leden. Ds. Hoekstra was inmiddels naar elders vertrokken waarop in 1970 W. Triemstra als predikant werd beroepen. Tot zijn emeritaat (pensioen) in 2003 bleef hij predikant van de Rehobothkerk.
1982 is een ingrijpend jaar voor de gemeente vanwege een hevige brand die het interieur van de kerk en het orgel volledig verwoest. Het duurt een jaar voordat de kerk weer in gebruik kan worden genomen. Ondertussen groeide de
gemeente door de nieuwbouw in Houten en Nieuwegein hard. Toen de gemeente in 1985 tegen 750 leden telde werd besloten om in Nieuwegein een nieuwe kerk te stichten: De Voorhof. De 500 die overbleven groeiden weer snel tot er in 1992 van de 800 er 500 in Houten een eigen gemeente stichtten: Het Kruispunt. De Voorhof in Nieuwegein en Het Kruispunt in Houten bestaan vandaag de dag nog steeds.
In 2004 werd Thijs Blok predikant van de Rehobothkerk. Vanaf 2005 werd er op Kanalaneiland gestart met missionair werk samen met het Kruispunt in Houten en de Opstandingskerk in Utrecht. Met financiele steun van kerken uit de hele provincie Utrecht werd zo in Kanaleneiland een nieuwe kerkelijke gemeenschap gesticht onder de naam “Huis van Vrede”. Sinds 2009 werkt Henk Bouma als missionair werker van Huis van Vrede. De vrede is ook tussen de kerken in Utrecht wat teruggekeerd want met Christelijk Gereformeerde Singelkerk is inmiddels intensieve samenwerking en worden regelmatig samen diensten belegd.
Na het vertrek van Thijs Blok naar Nijkerk in 2010 kwam in 2013 Hans van Benthem naar Utrecht als predikant van de Rehobothkerk. De voor Utrecht-Centrum inmiddels klassieke samenstelling van voornamelijk studenten en ouderen is in deze jaren veranderd omdat steeds meer jonge gezinnen in Utrecht blijven wonen.